Die Primarstufe ist eine sogenannte „verlässliche Grundschule“. Das bedeutet, dass ein Unterrichtsausfall zuverlässig von einer Fachkraft vertreten wird, die Schüler schon in der Grundschule im Fach Englisch unterrichtet werden und für die Eingangsstufe ein spezielles Betreuungsangebot für den offenen Anfang vorgehalten wird.
Nach der 4. Klasse werden die Schüler entsprechend ihrer Schullaufbahnempfehlung und dem Elternwunsch an eine entsprechende Schulform zugewiesen. Hier auf Spiekeroog können alle Schüler an der Inselschule bleiben und werden im Nordlichtprojekt weiter begleitet. Das Nordlichtprojekt ist ein Kooperationsprojekt mit der Hermann Lietz-Schule- dem Internatsgymnasium der Insel.
Die Inselschüler und Internatsschüler werden in dem Klassenstufen 5 - 7 in Zusammenarbeit mit den Kollegen des Gymnasiums entsprechend ihrer Fähigkeiten und Zuordnungen gemeinsam unterrichtet. Dadurch werden die Möglichkeiten beider Schulen optimal genutzt, alle Schüler können gemeinsam unterrichtet werden und ein hohes Maß an individuelle Förderung und Durchlässigkeit ist möglich. Nach der 7. Klasse bleiben die Schüler entweder an der Inselschule oder besuchen als externe Schüler die Hermann Lietz-Schule.
